바이오엔지니어 블린이

"I was thirty-seven then, strapped in my seat as the huge 747 plunged through dense cloud cover on approach to the Hamburg airport."

그래도 이 첫 문장만은 아직도 외우고 있다. 

영어공부를 위해 영문으로 된 소설을 읽기 시작했었는데, 

내용을 잘 알고 있는 '상실의 시대'가 가장 효과가 좋았다. 적어도 나에게는.

(90년 후반 우리 반에서는 하루키를 읽는 것이 유행이였다.)

영어는 낯설지만, 그래도 내용은 친숙해서 읽기 편했던 것 같다. 

일문소설의 한글 버젼으로 소설을 이해 하고, 영문본으로 영어를 공부한다.

무언가 웃기지만,

이 소설이 영문본으로 잘 번역이 되었다. 

(라고 지금은 치과의사가 된 다독광의 추천이 있었다. 미국인이다. 그래서 믿었다.) 

Plunge 거꾸러지다. 돌진하다. 

 (영어사전 뜻 ← link to dicstionary.com)

그래서 그런지 이 단어가 내입에는 착 붙고 여기 저기 잘 가져다 쓴다.

나는 저 위의 두 의미로 많이 쓰는 듯 하다. 

물론 회사에서 일할때도 많이 쓴다. 이렇게....

나: "I could not come up with a brilliant mitigation plan right now. omg, we are plunging into a quagmire!"   

어떻게 쓰는지는, youglish나 google에서 plunge in a sentence를 검색하시길

아래 그림은 youglish 예

[youglish.com 화면캡쳐 ← link to youglish.com] 

Bradford assay 정확히 말하자면, Bradford Coomassie Brilliant Blue assay로, Marion Mckinley Bradford에 의해 발명되었다.

단백질에 흡광도를 갖는 염색물질인 Coomassie Brilliant Blue G-250 를 붙여 microspectroscopy로 흡광도와 단백질 농도의 상관관계로 (Beer's law, 흡광도 = 물질별상수*농도*빛 투과 길이) 단백질 정량을 하는 방식이다.

BSA(bovineserum albumin, 소혈청알부민)의 농도를 표준으로 잡고 샘플내 단백질의 양을 상대적으로 구하는 방법이다.

Coomassie Brilliant Blue G-250 화학구조와 스테이닝 후 색변화

 [출처:photo by L. Frasson, instagram@samyrmachdo & wikipedia.org/wiki/Coomassie_Brilliant_Blue]

기본적으로 방향족고리가 많기 때문에 단백질의 소수성 잔기에 쉽게 반데르발스힘 (van der waals interaction)에 의해 붙게 된다. 이온성을 띄는 아민(N⁺) 그룹이나 산화황 이온(SO₃^- )에 의한 작용도 이 화학물질이 단백질에 잘 흡착 될수 있는 이유이다.

Coomassie Blue를 단백질과 결합시켜 주고 나면 보통 590nm 의 빛의 흡광도를 측정하는데, BSA를 이용한 표준곡선을 그리면 항상 R square 값이 0.8 이하로 좋지 않다.

가끔 고온 고압으로 멸균한 파이펫 팁의 코팅이 벗겨 지는지 잔여물들이 남을때가 있다. 이런 에러도 팁끝에 묻어 있는 방울방울에 그에러가 기인되어진다 생각했는데, 96년도에 나온 논문을 보니 단백질 자체가 가지고 있는 흡광도 때문이라설명하고 있다.

Tsaffrir Zor and Zvi Selinger, 

"Linearization of the Bradford Protein Assay Increases Its Sensitivity: Theoretical and Experimental Studies" 

ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 236, 302–308 (1996)

학부때 부터 무작정 따라 하던 실험의 기본이 무엇에 근거 하고 있었는지 이제서야 살펴 보게 되었다.

Coomassie Blue는 3개의 charge form을 가지며, 이 염색물질의 흡광도는 470nm 590nm 650nm에서 뚜렷해진다. 

590nm 파장을 흡수하는 (파란색) 형태의 구조가 단백질에 쉽게 붙는 형태로, 

dye가 단백질에 붙을 수록 빨간색을 띄는 450nm 파장대 빛의 흡광도(free dye의 양이 줄어 들기 때문에)가 상대 적으로 낮아 지게 된다.

결국 dye가 단백질에 붙는 흡광도 뿐만 아니라, dye 자체의 흡광도의 영향 때문에 590nm에서의 흡광도 측정은 부정확하다는 말이라는 것 같다.

결론은 간단하다

흡광도@590nm/흡광도@450nm 의 비율로 구하면 정확한 직선 관계식이 나오게 된다. 

 (필자는 이방법으로 R² 값이 0.999가 나온다.)

실험실에 신입생이건 인턴이건 실험을 처음 시작하는 친구들이 브래드포드 할일 있으면 이논문 던져 준다.

A. 590nm에서만 측정했을때, B. 590nm와 450nm에서 측정한 흡광도 비율로 그래프를 그렸을때의 BSA 표준 곡선 

 [Analytical Biochemistry, 1996, 236, 302–308]